İşbora'nın karısı ise Chou hanedanından geliyordu ve kocasını sürekli Çin seferine zorlayarak kendi hanedanının intikamının alınmasına çalışıyordu. İşbora'nın Çin seferine çıkması üzerine Çin ipek ticaretini kesti ve Göktürklerin onbin kadar tüccarını sınır dışı etti. İşbora'nın başarısızlığa uğraması karşısında bazı küçük kağanlar da Tardu'nun yanına geçtiler ve böylece iki Göktürk devleti arasındaki düşmanlık iyice körüklenmiş oldu. Ticaretin engellenmesi Göktürkler arasında açlık ve yoksulluğun doğmasına yol açtı. Kendine bağlı boyların batı devletine sığınması üzerine İşbora Kağan yalnız kaldı. Doğu'dan gelen Kitayların baskısı üzerine Doğu Göktürk devleti 585'te Çin koruması altına girdi. Göktürk İmpartorluğu'nun parçalandığı ve bağlı boyların Çin'e göç etmeye başladıkları dönemde, 587'de, İşbora öldü. Yerine geçen Yehü ve Tülan dönemlerinde de durum düzelmedi. Çinli prenseslerin yardımlarıyla Çin elçileri Göktürkleri içerden çökertmek için her şeyi yaptılar. 609 yılında başa geçen Şipi, Göktürklerin onurunu biraz olsun kurtarabildi. Doğu devletinin toprakları üzerindeki karışıklığı giderdi. Batı'da Tibet'e kadar, Doğu'da ise Amur ırmağına kadar yeniden bir egemenlik düzeni kurdu. Bir süre sonra Çin'e yeni saldırı için hazırlanırken, Çinli prenses ve elçilerin oyunu ile başarılı olamadı. Çin ordusunu kuşatmasına rağmen ülkede ayaklanma çıktığı söylentisi üzerine geri döndü. Şipi'nin başarısı üzerine Çin karıştı ve Doğu Göktürk devletine sığınmalar görüldü. Şipi'nin yerine geçen Çulo, kardeşinin sert tutumunu izlemeye kararlı görünüyordu, ne var ki karısı Çinli prenses onu kısa zamanda zehirleyerek öldürdü. Yerine geçen Kili ise karısının denetimi altında iktidarsız bir adamdı ve bu nedenle Doğu Göktürk devleti topraklarında birçok boy ayaklandı. Çinliler de öldürücü karşı saldırılara geçtiler ve Çin İmparatoru kendisini Türklerin Gök Kağanı ilan ederek 630 yılında Doğu Göktürk devletini resmen yıktı.

Doğu Göktürk devleti yıkıldıktan sonra Çin Seddi'nin kuzey kısımlarına bazı Türk boyları yerleştirilerek onların Çinlileştirilmesine çalışıldı. Doğu Göktürk devletinin yıkılmasına karşın gene de bir yüzyıllık süre içinde Göktürkler varlıklarını sürdürebildiler, zaman zaman da ayaklanarak eski devletlerini kurmak istediler. 639 yılında görülen Kürşad ayaklanması bunların içinde en ciddi olanıdır.

582 yılında Doğu devleti ile tüm ilişkilerini kesen Tardu Kağan ise yeniden tek bir imparatorluk kurmak istiyordu. Bu amaçla Çin'in üzerine yürüdü. Çinliler ise akarsuları ve pınarları zehirlediklerinden Tardu'nun ordusu çok zarar gördü ve bunun üzerine geri çekilmek zorunda kaldı. 600 yılındaki bu olaydan önce ise Tardu Kağan Batı'da birçok başarılar elde ederek çeşitli bölgeleri sınırları içine almıştı. Bu tarihlerde Ötüken-Moğolistan, Aral gölü, Kaşgar ve Horasan bölgelerine kadar geniş bir arazinin denetimini elinde tutan Tardu, Göktürk birliğini gerçekleştirmek için çalışıyordu. Bu nedenle kendisine ulu hakan anlamına gelen Bilge Kağan adı verilmişti. Çin seferi sırasında Çinlilerin kışkırtmaları ile yabancı boylar ayaklanınca karışıklık ortamı doğdu ve Tardu 603 yılında öldü. Yerine sırasıyla torunları geçti. Tong Yabgu döneminde devlet yeniden düzene kavuştu. Çok güçlü bir ordu kuruldu, sınır kenarlarında yeni bölgeler ele geçirildi. Doğu devletinin kışkırtması ile bazı boylar ayaklandılar. Batı Göktürk devletinin Çin'e boyun eğmesinden sonra bu devlet de yıkıldı. Bundan sonraları Aşına soyundan bazı kağanlar görülmüşse de hepsi Çin'e bağlı memur durumundaydılar. Batı Göktürk devletinin topraklarının Çin'e geçmesi 660 yıllarında tamamlandı.

Göktürklere karşı ayaklanarak yeni bir düzen kuran Töleslerin siyasal birliği zamanla genişledi. 630-680 yılları arası Göktürklerin bağımsızlıklarını yitirdikleri kötü bir dönem oldu. Ulus olarak varlıklarını ve geleneklerini sürdürdülerse de bağımsız bir devlet olamadılar. Başa geçen yeni kağanların yetersizliği bu durumun sürmesinin ana nedeni oldu. Kitabelerden öğrenildiğine göre, Göktürklerin bu duruma düşmelerinin ikinci nedeni de, Türk kavimlerinin hakanlarının sözünü dinlememesi ve Çinlilerin kurnazca yıkıcı çalışmalarıdır. Bu elli yıldan sonra gene Aşına soyundan gelen Kutlug bağımsızlık kavgasına girişti. Gizlice örgütlenerek Göktürk boyları arasında bir bağlantı düzeni oluşturdu. Ünlü komutan Tonyokuk da Kutlug'a katıldı. Orhun kıyılarında devleti yeniden kurdular ve Karakurum kentini merkez yaptılar. Oğuz kavimlerinin yeni bir Göktürk devletine karşı ayaklanmaları bastırıldı. Göktürkler yeniden kurdukları orduları ile Çin'in içerilerine kadar inen seferler düzenlediler ve kendileri için gereken yiyecek ile eşyayı yağma yolu ile sağladılar. 682'de Kutluğ kağan ilan edilerek İlteriş Kağan adını aldı.